清虚驾起祥云将神农带到陈地之后便让神农将部族之事交给手下之人，便让神农白日随自己修炼上清，晚上则教授神农一些药理知识和治国之道，如此匆匆数十年时间眨眼而过，这一日清虚将前日方练好之神鞭交给神农道:“此乃为师用乙木之英所炼成的宝物，可辨识万千草木，只要用此鞭打过便可知这种植物有毒无毒，却是方便你辨别百草，但是此物只可辨别草木有毒无毒，却无法辨别出毒性之强烈，你要想知道毒性还得自己试验。但是，你要记住洪荒中有无数异物，有些就是为师也是不识，更加不敢尝试，你的道行虽然嶒长迅速但还是不要轻易去尝试一些看起来比较奇怪的物事。”神农却是开口说道:“若是能将世间所有有毒之物全部辨识出来，并找到能够治疗使族人能够不再受苦，我就是身死也是无憾了。”清虚闻言一愣不由想到“不愧是成为三皇之一的人，就这份心已然远超后世大乘佛教的四大菩萨了。”遂开口说道:“你既有此心，为师也不愿阻你，但还是万事小心，为师走了。“说完也不待神农挽留便走出木屋驾祥云而去，回九华山而去了。清虚回到九华山便开始炼制自己在共工怒撞不周山时所捡来的那些碎片，只听清虚说道:”花费数千年时间终於将所有的碎片炼成一体，现在就等神农证得地皇之位后将所有得到的功德加入其中便可以炼成了，虽然大小没翻天印大，但是有我指点女娲娘娘造人是所得的功德，有辅助女娲娘娘补天所分得的功德，再加上教授伏羲和神农所得的功德，有这四份功德加入其中想来应该不弱於他翻天印，过段时间便该去有熊部落找轩辕姬了，他应该快出生了吧，等轩辕证得人皇之位后我便以三皇帝师之名在洪荒人族传道。”
不说清虚在九华山炼制法宝，神农见老师驾云而去便召集各部落头领和官员询问这数十年人族之事，闻听人族并无什么大事，只是那些老弱族人偶尔遇上头痛、发烧之事发生时依然无法可想，有些族人就这样死掉了，甚至一些壮年男女发生这样的状况也就无法干活了，只能躺在床上等着好转，而且这些现象现在越来越多，再就是误食毒物或被毒虫、毒蛇所伤的族人越来越多，虽然有上次伏羲出去带回来毒物的记录，但是现在族人却是越来越多，需要的土地也越来越多，族人需要到山林中烧山为林，遇上很多未曾见过的草木。伏羲闻言一愣，“自己随老师修炼前虽也有这样的事发生可是却没有死人，现在怎么有族人死了?早知应该问一下老师。”转眼间神农又想到:“不能总是靠老师，我因该自己想办法解决此事。而且也该继续出去辨别草木的毒性了不然族人中毒的会越来越多，而且治疗毒虫毒蛇咬伤的东西也必须尽快找到。”神农却是不知，万事有一利则必有一弊，谷物虽然使族人得到了更多的食物，可是食用谷物之人却是身体不如食肉之人，故以前对族人基本无害的一些病痛现在却是可以要命。
神农听到这些事便坐不住了，将部落之事安排好之后便出门向大山深处行去，一路之上但凡见到以前未曾见过的草木便用清虚所炼制的神鞭赭鞭打一下，看其有毒无毒，并将他们记录下来，等到晚上的时候便将那些毒草服下，检验其毒性的强烈，慢慢的神农发现各种毒药都有都有五行属性，有些厉害的毒药更是混含了数种五行之力，所以才毒性剧烈，神农察其寒、温、平、热之性，辨其君、臣、佐、使之义，慢慢的便可以用之解毒，还可以治病。一天神农在石缝中找到一支开小黄花的藤状植物，神农用赭鞭打一下发现其中蕴含剧毒，便把花和茎吃到肚子里以后，没有多久，就感到肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样，连忙用功将毒性化解，一会神农起身抆了一下头上的汗说道:“幸好我有老师传下的道法护身，不然就会死在这里了，一定要将这种草记下来告诉族民，以免族民误食而丧命。这种草吃下去肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样，就叫”断肠草“吧。经过数十年的辩尝发现甘草可以治疗咳嗽，大黄可以治疗便秘，黄莲可以消肿等等。
经过数十年的辩尝，神农终於几乎将所有的草木都尝遍了，还写下了一本书《神农本草经》，《神农本草经》阐述了药物的三品分类及其性能意义，药物的君臣佐使及在方剂配伍中的地位和作用，药物的阴阳配合、七情合和、四气(寒热温凉)五味(辛甘酸苦咸)、有毒无毒，药物的采造，药物的煎煮法，药物与病证的关系等等。当这本书写完的时候天上降下功德落於神农身上，同时在九华山也有一团功德降下落於清虚身上。神农回到陈地便开始教授族人医药之术，神农又发现有些病发起来很快，等药煎好的时候病人已经快不行了，药服下去也不管用了。所以神农想能不能找到一种方法，将药物的精华全部存下来，在病人刚发病的时候便将其服下，病人便可以乘早将其服下便可以保住性命，神农想了很久，都没找到方法。突然有一天神农想起当年自己中蛇毒时老师给自己服下一丸丹药，治好了自己中的毒，不由想到:“仙丹是仙人将仙草仙果去其糟粕炼制而成的， 那么人应该也可以将草药炼成丹药，可是l老师没有教我怎样炼制丹药。恩，老师的道场在九华山，我就去九华山找老师，向老师请教。“
想到此处神农便驾着云向九华山飞去，神农飞了数月时间才飞到九华山，而此时清虚正在大赤天太上老君处，原来清虚算出神农要到自己处求炼丹之术，可是自己对於丹术却是并不精通，一时颇为为难，后想起大师伯太上老君的炼丹之术乃是世上最好的，便赶到大赤天向太上老君求炼丹之术。刚到大赤天便见玄都师站在八景宫门口等候，见清虚到来忙上前说道:“师兄！老师命我在此等候多时了。“清虚也知圣人神通不同一般，自己刚出门大师伯恐怕就知道自己来的目的了吧。清虚随玄都师进入八景宫拜过老君后便坐於一旁等候也不说话。老子见清虚坐下便开口说道:“你的来意我知道，丹术我已替你准备好，还炼制了一炼丹的丹鼑，你一起拿下去吧。”说完便将一卷丹书和一支小鼎交给清虚，清虚拜谢道:“多谢师伯。”老子说道:“吾掌人教，神农也算我之弟子。”说完便闭目打坐去了。清虚见状便拜过后在玄都师的带领下出了八景宫向外行去，待出了玄都洞清虚对玄都师说道:“师弟不必相送，我去也，早就想和师弟一聚，可是你我皆是掌教大弟子，却是不得闲，以后定要找空和师弟一叙。”说完便驾云而去。玄都师看着清虚驾云远去之后便转身进了玄都洞八景宫。