这计划好的一天正是范遥设计从玄冥二老那里夺得十香软筋散解药的那一天，结果等到范遥得意地跑到万安寺给六大派施恩的时候发现里面空荡荡的，人全跑了！
明教施恩六大派达不成了，明教与六大派的关系依旧没有改善，明教的军队也得不到六大派的支持，鉴於他们在江湖中的名声不好，普通百姓也不愿意支持他们，使得明教的反元军队十分艰难，其他有六大派支持的势力趁势而起。
这些张无忌都看不到，他被赵敏拐出了海，经历了蝴蝶岛事件、波斯来人事件、小昭返回波斯事件……张无忌带着谢逊回到中原。然后又是一系列的事情:谢逊被成昆捉到少林寺;张无忌和殷离成亲，赵敏前来阻止，张无忌抛下新娘子追随赵敏而去;少林召开屠狮大会……
张无忌因为跟赵敏纠缠不清，
声名在江湖中一落千丈，六大派全部嘲讽明教:自家教主与蒙古的郡主亲亲我我纠葛不清，还抗个p的元?因此，许多明教的底层教众以及非明教的将领对明教失去信心，纷纷脱离明教的起义军，加入别的起义军。明教损失惨重，许多中层都对张无忌这个教主不满之极，全靠明教高层压着，才没有爆发出来。啧啧，明教高层可都是跟张无忌有瓜葛的:五散人和韦一笑因为张无忌对他们有救命之恩;杨逍因为杨不悔的关系;殷天正更是张无忌的外公……或为报恩或为利益，他们自然更加支持张无忌为教主。宋青书参加了少林的屠狮大会，夺得武功天下第一的名号。黄衣女跑出来刷存在感了，不过被宋青书轻易打败，其灰溜溜下山了。宋青书自然不会杀谢逊，他跟武当没有仇，还是张无忌的义父，正考虑要如何处置他，谢逊耳尖低听到了成昆的声音。於是，谢逊不用他操心了，杀了成昆后遁入佛门。
赵敏对着意气风发的宋青书愤恨不已，她实在受不得宋青书风头无双受人称赞，於是溜到宋青书的后方，暗中偷袭宋青书。以宋青书的武功，自然避过去了，相应的，赵敏也就暴露了。众豪杰纷纷声讨赵敏的明教，认为他们勾结在一起，暗害中原武林第一人，要明教交出赵敏杀了她。明教高层早就对赵敏这个勾引他们教主的妖女不满了，就要顺应众豪杰的意思交出赵敏，张无忌坚决反对，护着赵敏。无当众人对张无忌失望不已，那蒙古郡主要害的是他的师兄，他竟然还护着那女人！贪图女色，不顾民族大义，不顾师门情义，张无忌怎么成为这样一个卑鄙的人?他们对不起九泉下的五弟/哥，没有教导好他的儿子！
正好，张松溪跑上山，告诉众人山下元兵集结，要将众人一网打尽。众豪杰哗然，全部度仇恨地盯着赵敏，他们可没有忘记赵敏是元朝的郡主，说不定就是她与元兵里应外合，设定的这个围剿计划。明教高层此时也恨不得杀了赵敏，赵敏只能死死抓住张无忌。张无忌一直与赵敏在一起，相信她没有调元兵围杀众人，但众人都不听他解释。为了护住赵敏，张无忌仗着武功好，抱着赵敏逃了出去。自此，明教高层和无当众人都对他失望透顶。
灭绝师太鉴於当前的危机，悄悄找到少林掌门，让倚天剑和屠龙刀互砍，从里面得到了秘籍。武功秘籍自是归峨眉，《武穆遗书》则由少林掌门交给有能力的人，让其利用《武穆遗书》中的兵法帮助武林豪杰们摆脱这次危机。
第二天，少林掌门当中宣布了屠龙刀的秘密，并将《武穆遗书》拿了出来。众豪杰全部傻眼了，他们争夺的屠龙刀其实只藏了一部兵书?《武穆遗书》由少林掌门交给了一位来参加屠狮大会的某个抗元势力的头领，此人颇有军事才华，带着众豪杰打退了来袭的元军。
屠狮大会后，张无忌的做法带给明教更差的影响，明教大军一蹶不振，即使朱元璋再有才华，选错了队伍，他的野心也无法实现了。最终，那个得到《武穆遗书》的势力赶走元军，打败了明朝的军队和陈友谅等，夺得天下，建立国号为“顺”。
张无忌至带走赵敏后过得并不顺，赵敏一心复仇，特别是想杀了宋青书，张无忌苦劝无果，身心俱疲。最终，赵敏一个人离开了，张无忌则觉得中原无他立足之地，回了冰火岛。不过他的运气不错，殷离对她是真心的，即使他曾在礼堂上抛下殷离这个新娘子。殷离痛恨张无忌却无法放下对张无忌的爱，她陪着张无忌去了冰火岛。在那个没有人打扰的地方，两个人别扭地度过了一辈子。
灭绝师太没有死，自然不会让周芷若去勾搭张无忌。周芷若与张无忌没有长时间的相处，原本的一丝情意不会加深。再听到张无忌与赵敏勾勾搭搭的事情后，那丝情意轻易就被掐断了。在屠狮大会上，目睹张无忌不顾及民族大义和师兄弟情意为赵敏说话并抱着其逃跑后，周芷若对张无忌便只有鄙夷再无其他。灭绝师太得了《九阴真经》，悉心教授给周芷若。周芷若这一次不用急於求成走捷径，一步一步稳扎稳打地修炼，於十年后内力大成，灭绝师太欣慰地将峨眉掌门的位置交给周芷若。丁敏君再不服气也没有办法，她根本打不过周芷若。
宋青书成为武林第一高手后没有自得，他深知自己的斤两，而且他的目标可不局限於此，而是成就先天。回到武当山后，宋青书很少下山，他不是努力修炼就是与张三丰探讨。十年后，张三丰先一步晋升先天，容貌返老还童，看起来不过三十多岁。再五年，宋青书也卖出了那道坎，成就先天。他与张三丰并称武当两大真人，连皇室都下旨册封。宋青书一心武道，没有成为武当掌教，但有他和张三丰在，武当绵延兴旺三百多年，压过少林，成为天下第一门派。